一种新的迭代渐进多序列比对算法OA北大核心CSCD
A New Iteratively Progressive Multiple Sequence Alignment Algorithm
该文提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA.该算法先用渐进方法进行多序列比对,然后通过迭代策略,利用上一轮多序列比对结果修正指导树,产生新一轮比对.重复这一过程,直到指导树不再发生变化或满足事先设定的迭代次数为止.以比对数据库BAliBASE中多蛋白质家族lidy为例,对IPMSA算法和ClustalW算法进行的比较研究表明,该算法能更有效地比对分歧较大的序列,并改进其系统发育树.
张敏;方伟武;张俊华;迟忠先
大连理工大学计算机系,大连,116024大连大学信息工程学院,大连,116622中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所,北京,100080中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所,北京,100080
信息技术与安全科学
多序列比对渐进比对算法迭代策略
《计算机工程与应用》 2005 (2)
生物信息学中信息理论方法的研究与应用
72-74,3
国家自然科学基金资助项目(编号:90103033)
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