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BDCGrid: 基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

刘小川 赵树起 孔雷 刘小桥 王珺 李哲 顾孝诚 高歌

生物信息学2011,Vol.9Issue(1):65-67,71,4.
生物信息学2011,Vol.9Issue(1):65-67,71,4.DOI:10.3969/j.issn.1672-5565.2011.01.016

BDCGrid: 基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

BDCGrid: a Globus-based Computational Grid for High-Performance Bioinformatic Computing

刘小川 1赵树起 1孔雷 1刘小桥 1王珺 1李哲 1顾孝诚 1高歌1

作者信息

  • 1. 北京大学生命科学学院,北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室,北京大学生物信息中心,北京,100871
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摘要

Abstract

With the rapid increase of data in biological sciences, bioinformatics faces the great challenge of large scale, high-throughput and intensive computing. Here, we developed a bioinformatic computational grid system-Biological Data Computing Grid ( BDCGrid) based on the Globus Toolkit middleware. BDCGrid utilizes computers in medium and small size bioinformatic laboratory effectively, cuts short the necessary time-length for implementation of high-throughput bioinformatic analysis tools including BLAST, FASTA, HMMER. BDCGrid could offer a new solution for the large-scale, high-throughput bioinformatic computing by using existent computational resources.

关键词

生物信息学/网格计算/高通量生物数据

分类

生物科学

引用本文复制引用

刘小川,赵树起,孔雷,刘小桥,王珺 ,李哲,顾孝诚,高歌..BDCGrid: 基于Globus的生物信息高性能计算网格系统[J].生物信息学,2011,9(1):65-67,71,4.

基金项目

国家高技术研究发展计划(批准号:2006AA02Z334,2006AA02Z314,2006AA02A312). (批准号:2006AA02Z334,2006AA02Z314,2006AA02A312)

生物信息学

OACSTPCD

1672-5565

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