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用生物信息学方法确定HIV-1M组基因分型的最佳区域

聂滨 唐昌伟 逯心敏 雷开健 鲁卫平

四川医学2011,Vol.32Issue(2):159-160,2.
四川医学2011,Vol.32Issue(2):159-160,2.

用生物信息学方法确定HIV-1M组基因分型的最佳区域

Determine the best genotyping area of the HIV-1M group with bioinformatics

聂滨 1唐昌伟 1逯心敏 1雷开健 1鲁卫平2

作者信息

  • 1. 宜宾市第二人民医院检验科,肿瘤科,四川,宜宾,644000
  • 2. 重庆市大坪医院检验科,重庆,400042
  • 折叠

摘要

Abstract

Objective To determine the best genotyping area of the HIV-1M group. Methods 104 complete genome sequences of HIV-1M group which had been given the annotation about every region and derived from differen country were downloaded from Genbank. Phylogenetic trees on gag region, pol region and env region were established by neighbor-joining method. Results The env region was the best region instead of the complete genome sequence. Conclusion Ascertain the best genotyping region of HIV-1M group was env region sequences by bioinformatics.

关键词

HIV/基因型/生物信息学/NJ

分类

生物科学

引用本文复制引用

聂滨,唐昌伟,逯心敏,雷开健,鲁卫平..用生物信息学方法确定HIV-1M组基因分型的最佳区域[J].四川医学,2011,32(2):159-160,2.

基金项目

宜宾市科技局基金项目(编号:200903006) (编号:200903006)

四川医学

OACSTPCD

1004-0501

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