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一种构建细小病毒进化树的加权距离方法

周立前 杨碧波

湖南工业大学学报2012,Vol.26Issue(2):10-15,6.
湖南工业大学学报2012,Vol.26Issue(2):10-15,6.

一种构建细小病毒进化树的加权距离方法

A Weighted Distance Method to Construct Parvovirus Phylogenetic Tree

周立前 1杨碧波2

作者信息

  • 1. 湖南工业大学计算机与通信学院,湖南株洲412007
  • 2. 湘潭大学数学与计算科学学院,湖南湘潭411105
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摘要

Abstract

The phylogenetic trees of 30 parvoviruses are reconstructed by the weighted methods of log-correlation distance and mutual information distance. The trees are made of two branches of parvovirinae and densovirinae, and the structures are mainly consistent with the eighth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses and results of the existing literature. The tree based on the protein sequences construction is better than that based on entire genome DNA sequences construction.

关键词

完全基因组/系统发育树/组合向量/对数关联距离/互信息距离/加权距离

Key words

complete genomes/phylogenetic tree/composition vector/log-correlation distance/mutual information distance/weighted distance

分类

生物科学

引用本文复制引用

周立前,杨碧波..一种构建细小病毒进化树的加权距离方法[J].湖南工业大学学报,2012,26(2):10-15,6.

基金项目

湖南省国际合作基金资助项目 ()

湖南工业大学学报

1673-9833

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