基于Illumina HiseqTM 2000高通量转录组测序的里氏拟石磺SSR标记开发OA北大核心CSCDCSTPCD
Development of microsatellite markers for Paraoncidium reevesii based on transcriptome sequencing Illumina His-eqTM 2000
为给石磺科贝类系统进化研究和资源保育工作提供更有效的分子标记, 使用 Illumina HiseqTM 2000 高通量测序技术对里氏拟石磺进行转录组测序, 以所得的拼接序列为基础, 利用 MISA 和 SSR Hunter1.3 软件进行微卫星序列的查找, 对选出的 51 个微卫星位点进行引物设计, 经 PCR 扩增得到单一清晰扩增条带的位点 24 个, 研究湛江里氏拟石磺群体扩增.结果表明, 其中 14 个位点表现多态性.14 个多态性位点得…查看全部>>
Repeats in the transcriptome sequences of Paraoncidium reevesii were searched using MISA and SSR Hunter1.3, 51 sequences with SSR were selected for primier designing. 24 primers were produced clearly defined bands after preparatory screening. The further test in Zhanjiang population indicated that 14 loci were showed polymorphism. The allele numbers per locus ranged from 2 to 4 and the observed and expected heterozygosity ranged from 0.0313 to 0.7143 and fro…查看全部>>
吴欣;沈和定;王冬凤;刘宸;杨铁柱;刁亚
上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室, 上海 201306上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室, 上海 201306上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室, 上海 201306上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室, 上海 201306上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室, 上海 201306上海海洋大学 省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室, 上海 201306
生物科学
里氏拟石磺转录组微卫星标记
Paraoncidium reevesiitranscriptomemicrosatellite marker
《海洋科学》 2015 (11)
肺螺亚纲石磺科贝类由海洋向陆地及至淡水的进化生物学研究
20-25,6
国家自然科学基金(41276157),上海高校水产学一流学科建设项目
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