基于柿雌雄花芽转录组测序的SSR和SNP多态性分析OA北大核心CSCDCSTPCD
SSR and SNP polymorphism analysis based on persimmon (Diospyros kaki) transcriptome
为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘.结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49％unigene在数据库中得到注释.利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63％),其次是以AG/CT类型为…查看全部>>
The aim of this study was to develop SSR and SNP markers and promote the researches on varieties identification and genetic diversity in Diospyros kaki.The transcriptome of persimmon flowers were sequenced by RNA-Seq technology,and MISA and GATK3 software were used to explore the SSR and SNP loci.A total of 154 741 unigenes were detected,of which 38.49％ were annoted according to datebases.And 44 304 SSRs occurred in 59 570 unigenes were identified,including …查看全部>>
杜改改;孙鹏;索玉静;韩卫娟;刁松锋;傅建敏;李芳东
国家林业局泡桐研究开发中心,郑州450003中国林业科学研究院经济林研究开发中心,郑州450003国家林业局泡桐研究开发中心,郑州450003中国林业科学研究院经济林研究开发中心,郑州450003国家林业局泡桐研究开发中心,郑州450003中国林业科学研究院经济林研究开发中心,郑州450003国家林业局泡桐研究开发中心,郑州450003
农业科技
柿转录组测序SSR标记重复基元SNP
Diospyros kakitrancriptome sequeucingSSR markerfrequent motifSNP
《中国农业大学学报》 2017 (10)
45-55,11
青年科学基金项目(31500559)中国林科院青年项目配套类(CAFYBB2016QB017)河南省基础与前沿技术研究项目(152300410135)
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