贵紫麦1号转录组EST-SSR标记发掘与应用OA北大核心CSTPCD
Exploration and Application of EST-SSR Markers in Guizimai No.1 Transcriptome
为了开发新的小麦分子标记,利用前期小麦品种贵紫麦1号的转录组测序结果,对所得序列进行EST-SSR(Expressed sequence tags-simple sequence repeat)标记开发,并对开发的标记进行了染色体定位、多态性筛选.结果表明,在119572条总Unigenes序列中得到8749条含SSR位点的EST序列,占7.3％,平均每8.04 kb就会出现1个SSR;EST序列中SSR类型的分布特点为三核苷酸重复类型最多,而五、六核苷酸重复类型出现频次很少,单核苷酸重复以A/T出现频次最多,二核苷酸重复以AG/CT出现频次最多,三核苷酸重复以CCG/CGG出现频次最多;对含SSR位点的EST序列进行引物设计,成功设计出引物的序列有5503条,占总EST序列的62.9％,从中筛选到341对有效性EST-SSR引物;以中国春为对照,利用16份中国春缺体-四体系材料对341对EST-SSR引物进行染色体定位,共定位153对引物、201个位点,涉及除3A、5A、3B、4B及1D外的16条染色体,其中5B染色体定位引物对最多,达23对;筛选出53对多态性EST-SSR引物,对52份小麦材料进行遗传多样性分析发现,其中18对EST-SSR引物可将52份小麦材料一一区分.
杨帅;杨喜翠;何方;李鲁华;李振华;任明见;徐如宏
贵州大学农学院,贵州贵阳 550025贵州大学农学院,贵州贵阳 550025贵州大学农学院,贵州贵阳 550025国家小麦改良中心贵州分中心,贵州贵阳 550025贵州大学农学院,贵州贵阳 550025国家小麦改良中心贵州分中心,贵州贵阳 550025贵州大学农学院,贵州贵阳 550025
农业科技
紫色小麦EST-SSR多态性筛选标记开发染色体定位遗传多样性
《河南农业科学》 2020 (5)
15-30,16
国家自然科学基金项目(31660390)贵州省农业成果转化计划项目(黔科合成果[2016]4022号)国家"七大农作物育种"重点专项(2017YFD0100900)
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