利用选择性清除方法鉴定牛繁殖性状相关的候选基因OA北大核心CSTPCD
Identification of Candidate Genes for Cattle Reproductive Traits Using Selective Sweep Method
为探究与牛繁殖性状相关的候选基因组区域和候选基因,采集97头郏县红牛和32头中国荷斯坦奶牛母牛血样并提取基因组DNA,利用简化基因组测序(SLAF-seq)技术获得了其全基因组SNP标记及个体基因型.通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst)和核苷酸多态性(πratio),利用选择性清除方法筛选2个品种间差异的基因组区域,并与动物QTL数据库中牛繁殖性状相关QTLs进行比对,将重合区域作为候选区域.在Animal Omics Database数据库中查看候选区域内基因在母牛繁殖相关组织中的表达情况,将表达量高(FPKM>10)的基因优先作为候选基因.结果显示,根据Fst值和 πratio值的99％分位数(Fst>0.390,πratio>1.49)筛选得到了42个品种间高度差异的基因组区域,其中11个基因组区域与繁殖性状QTL重合.其中,9个基因在卵巢、输卵管壶腹部或黄体中表达(FPKM>1).CFDP1、CFDP2和FAM204A基因在各组织中均高表达(FPKM>10).以上结果提示,CFDP1、CFDP2和FAM204A基因可优先作为牛繁殖性状相关候选基因.
吕世杰;陈付英;张子敬;王李辉;张松山;王二耀;徐照学;施巧婷
河南省农业科学院 畜牧兽医研究所,河南 郑州 450002河南省畜禽繁育与营养调控重点实验室,河南 郑州 450002河南省农业科学院 畜牧兽医研究所,河南 郑州 450002河南省畜禽繁育与营养调控重点实验室,河南 郑州 450002河南省农业科学院 畜牧兽医研究所,河南 郑州 450002河南省畜禽繁育与营养调控重点实验室,河南 郑州 450002平顶山市动物疫病预防控制中心,河南 平顶山 467000平顶山市畜产品质量安全监测中心,河南 平顶山 467000
农业科技
郏县红牛中国荷斯坦奶牛繁殖性状选择性清除遗传分化系数
《河南农业科学》 2020 (7)
133-138,6
国家重点研发计划项目(2018YFD0501700)河南省肉牛产业技术体系项目(S2013-08)国家肉牛牦牛产业技术体系项目(CARS-37)河南省农业科学院科技创新创意项目(2020CX09)
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