稻曲病菌菌株GZ-14-07中携带的全病毒基因组特征研究OA北大核心CSCDCSTPCD
Genomic Characterization of a Totiviridae from the Ustilaginoidea virens Strain GZ-14-07
稻曲病菌是引起真菌类病害水稻稻曲病的病原.从稻曲病菌菌株GZ-14-07中分离到一株真菌病毒,命名为Ustilaginoidea virens RNA virus 6(UvRV6),对其进行了序列分析.通过CF-11纤维素粉法提取菌株GZ-14-07中的真菌病毒UvRV6,采用随机引物扩增法获得UvRV6的全长基因组序列,使用DNAMAN、BlastP和MEGA等软件对UvRV6的全长序列进行拼接、比对和系统进化树分析.研究发现UvRV6全基因组长度为5043个碱基,GC为48.8％,UvRV6基因组序列中存在两个开放阅读框(ORF1和ORF2),ORF1长2280个碱基,编码760个氨基酸(79.6 kD),ORF2长2385个碱基,编码830个氨基酸(91.5 kD).ORF1和ORF2编码的蛋白,分别与全病毒科维多利亚属真菌病毒成员的衣壳蛋白和依赖于RNA的RNA聚合酶显著出较高的相似性.另外,UvRV6的ORF1和ORF2之间有一个AUGA序列,在AUGA序列上游存在一段能形成一个H型的假节序列,这两个序列元件的存在使UvRV6两个开放阅读框(ORF1和ORF2)能通过翻译终止后又重新启动翻译的机制,融合成一个大的开放阅读框.最后,通过UvRV6和其他全病毒科成员的依赖于RNA的RNA聚合酶蛋白序列构建的系统进化树分析得出,UvRV6与属于全病毒科维多利亚属的成员聚集成一簇.明确了UvRV6属于全病毒科维多利亚属的新成员.
张婷婷;滕丽;蔡小姚;龙慧;李升愉;刘红美
贵州医科大学 生物与医学工程重点实验室,贵阳 550000贵州医科大学 环境污染与疾病监控省部共建教育部重点实验室,贵阳 550000贵州医科大学 生物与医学工程重点实验室,贵阳 550000贵州医科大学 基础医学院,贵阳 550000贵州医科大学 生物与医学工程重点实验室,贵阳 550000贵州医科大学 生物与医学工程重点实验室,贵阳 550000
稻曲病菌真菌病毒dsRNA全病毒科维多利亚属
《生物技术通报》 2020 (10)
80-87,8
贵州省科技计划项目(黔科合基础[2017]1153),贵阳市科技计划项目(筑科合同[2017]5-24),贵州省大学生创新创业训练计划项目(201510660016)
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