基于RNA-seq技术的奥利亚罗非鱼转录组SSR位点信息分析OA北大核心CSTPCD
Analysis of SSR Site Information in Transcriptome of Oreochromis aurea Based on RNA-seq
为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记.结果显示,拼接组装获得了71009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10875个SSR位点,含有位点序列的数量为8315条,占总序列的11.71％.奥利亚罗非鱼转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到5种不同核苷酸重复类型和126种不同重复基序.其中,二核苷酸串联重复单元类型的含量最多(5779个),占总位点数的53.14％;而在二核苷酸重复类型中AC/GT基序类型出现频率最高(3954个,占36.36％).此外,SSR位点以6次重复次数为主(3048个),占总位点数的27.77％;SSR位点序列长度分布于12～254 bp,其中具有高度多态性位点3480个(占比29.14％),中等多态性位点8462个(占比70.86％).
周康奇;邓潜;林勇;潘贤辉;黄姻;覃俊奇;徐俊龙;杜雪松;文露婷;陈忠;潘志忠
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农业科技
奥利亚罗非鱼转录组多态性SSR位点信息RNA-seq
《河南农业科学》 2020 (11)
147-152,6
广西创新驱动发展专项(AA17204080-5)
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