基于刚毛柽柳转录组测序的EST-SSR标记识别与开发OA北大核心CSCDCSTPCD
Identification and development of EST-SSR markers in Tamarix hispida based on transcriptome sequencing
表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)能为植物适应环境提供分子基础.通过对5个不同样地刚毛柽柳(Tamarix hispida)进行转录组测序、组装及比较,共识别出该物种1187个多态性EST-SSR位点.其中,三核苷酸重复数目最多(54.42％),其次是二核苷酸重复(37.66％).分别有500、176和211个EST-SSRs位于829个转录本的编码区(CDSs)、3′非翻译区(UTRs)和5′U T R s中;AGC/GCT、AT/AT和AG/CT重复类型的EST-SSRs分别在各基因区域内出现频率最高;含多态性SSRs的基因序列主要被注释到"调节转录"、"转录因子活性"、"细胞核"等GO条目,以及"代谢途径"和"植物激素信号转导"等KEGG代谢通路;通过PCR扩增、测序及毛细管电泳验证,从15个随机挑选的SSR位点中开发出13个多态性SSR标记.本研究为开展刚毛柽柳的种群遗传学和SSR变异相关的适应进化机理研究奠定了基础.
李佳彬;黄蕾;张雅楠;贾媛媛;田芸芸;张雷;党振华
内蒙古大学生态与环境学院 / 蒙古高原生态与资源利用教育部重点实验室 / 内蒙古草地生态学重点实验室,内蒙古 呼和浩特010021内蒙古大学生态与环境学院 / 蒙古高原生态与资源利用教育部重点实验室 / 内蒙古草地生态学重点实验室,内蒙古 呼和浩特010021内蒙古大学生态与环境学院 / 蒙古高原生态与资源利用教育部重点实验室 / 内蒙古草地生态学重点实验室,内蒙古 呼和浩特010021内蒙古大学生态与环境学院 / 蒙古高原生态与资源利用教育部重点实验室 / 内蒙古草地生态学重点实验室,内蒙古 呼和浩特010021内蒙古大学生命科学学院 / 牧草与特色作物生物技术教育部重点实验室,内蒙古 呼和浩特 010021内蒙古自治区林业科学研究院,内蒙古 呼和浩特 010010内蒙古大青山森林生态系统定位观测研究站,内蒙古 呼和浩特 010010
刚毛柽柳高通量测序EST-SSR标记开发功能注释
《草业科学》 2021 (4)
630-639,10
国家林业和草原局林业科技发展项目(KJZXSA2019047)内蒙古自治区自然科学基金(2020MS03005)
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