基于生物信息学探索肺腺癌预后相关基因及免疫浸润分析OA北大核心CSCDCSTPCD

目的:筛选出肺腺癌(LUAD)的预后相关因子,并分析LUAD中免疫细胞浸润情况.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载LUAD转录组RNA——Seq数据集,应用反卷积算法(CIBERSORT)和估计算法(ESTIMATE)计算患者肿瘤浸润性免疫细胞(TIC)的比例以及免疫和基质成分的数量.利用R软件鉴定LUAD患者与正常人的差异表达基因(DEGs),并进行功能和通路富集分析.采用单变量Cox回归分析和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建方法对DEGs交叉分析,确定LUAD预后相关因子,并选择其中一个预后因子进行单基因分析,最后利用CIBERSORT分析LUAD中免疫细胞浸润情况.结果:共鉴定出363个DEGs,对DEGs进行Cox回归分析和PPI网络构建后,交叉分析得到7个预后相关基因,分别为CCR2、CD79A、BTK、CD19、CD22、CD28、PTPRC.选定CD22进行单基因分析,发现CD22的表达与LUAD患者的临床病理特征(临床分期、肿瘤浸润)呈负相关,与LUAD患者的生存期呈正相关.基因集富集分析(GSEA)显示,免疫相关活性基因集主要富集于CD22高表达组,而代谢途径基因集主要富集于CD22低表达组.CIBERSORT分析表明其中记忆B细胞、幼稚B细胞、静息肥大细胞、静息的CD4+记忆T细胞、CD8+T细胞、调节T细胞与CD22表达呈正相关,提示CD22可能对TME中的免疫优势存在起重要作用.结论:CCR2、CD79A、BTK、CD19、CD22、CD28和PTPRC表达水平可能有助于预测和解释LUAD患者预后,其中CD22还可以作为区分TME免疫活跃状态和代谢活动状态的指标,为LUAD的治疗提供新思路.免疫细胞浸润分析结果为LUAD的分子机制研究提供新思路.