基于转录组测序的椰心叶甲啮小蜂SSR、SNP和InDel位点分析OA北大核心CSCDCSTPCD
SSR,SNP and InDel Analysis Based on Tetrastichus brontispae Tran-scriptome
椰心叶甲啮小蜂(Tetrastichus brontispae)是外来有害生物椰心叶甲(Brontispa longissima)的蛹期寄生蜂,分析其转录组序列中的SSR、SNP和InDel位点信息,可以为开发新的分子标记,深入研究其遗传多样性、种群遗传结构和历史动态等提供数据支撑.本研究基于转录组数据,利用MISA软件和Varscan软件对Unigene进行SSR、SNP和InDel位点进行搜索.在11802条Unigene中共获得29754个SSR位点,平均每1.72 kb含有1个SSR位点,发生率为39.96％.SSR片段为10～382 bp,长度具有显著差异,平均长度为23.91 bp.SSR片段中,单碱基重复最多(60.82％),其次是二碱基重复(27.69％),再次为三碱基重复(10.79％).其中优势重复基元类型为A/T(59.32％),其次为AT/AT(15.28％).在6895个Unigene中发掘出51334个SNP位点,转换位点37445个(72.94％),颠换位点13975个(27.22％),平均每条Unigene上含有7.45个SNP位点.还在6040个Unigene中筛选出15644个InDel位点,平均每条Unigene上有2.59个InDel位点.椰心叶甲啮小蜂转录组中SSR、SNP和InDel位点数量多,出现频率高,类型丰富,具有较高的多态性潜能.
刘华伟;李朝绪;李芬;吕朝军;吴少英;覃伟权
中国热带农业科学院椰子研究所,海南文昌571399海南大学,海南海口570228海南省院士团队创新中心(槟榔黄化病综合治理),海南文昌571339海南省热带油料作物生物学重点实验室,海南文昌571399中国热带农业科学院椰子研究所,海南文昌571399海南省院士团队创新中心(槟榔黄化病综合治理),海南文昌571339
农业科技
椰心叶甲啮小蜂转录组SSRSNPInDel
《热带作物学报》 2021 (10)
2828-2833,6
海南省重大科技计划项目(No.ZDKJ201817)热带木本油料产业技术创新团队-热带木本油料主要病虫害防控技术研究(No.1630152017010)农业农村部海南省入侵生物监测项目(No.1630042020020).
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