基于转录组的荔枝泛素结合酶基因家族的鉴定及表达分析OA北大核心
Transcriptome-wide Identification and Analysis of UBC Gene Family in Litchi chinensis Sonn.
泛素结合酶在泛素化级联反应中居于中心位置,是连接泛素活化酶和泛素连接酶的桥梁,在泛素化系统中发挥着关键作用.本研究基于荔枝转录组数据库,利用生物信息学方法对转录组数据库泛素结合酶UBC基因家族进行鉴定,最终得到28个LcUBC基因家族成员.通过荧光定量PCR技术对LcUBC基因家族在'妃子笑'荔枝不同组织中进行时空表达分析,并对花穗对照和烯效唑处理花穗发育的不同时期进行表达分析.结果表明:LcUBC基因家族成员对应所编码的氨基酸数分布在85～1146 aa之间,等电点大小在4.03～9.61之间,5个LcUBC蛋白为稳定蛋白,其余均为不稳定蛋白.2个LcUBC蛋白定位于细胞质,2个LcUBC蛋白定位于细胞质和细胞核,1个LcUBC蛋白定位于内质网,其余蛋白均定位于细胞核.系统进化分析结果表明,LcUBC蛋白分为10个亚家族;28个LcUBC基因家族成员在不同组织的表达量存在差异;烯效唑处理'妃子笑'荔枝花穗与对照相比,烯效唑处理21 d后,LcUBC基因家族成员的多个基因表达量较高.这是在转录组水平分析LcUBC基因家族成员,本研究结果对今后该基因家族的分类、克隆和功能研究提供了参考依据.
董晨;李金枝;郑雪文;王弋;李伟才
中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室,广东湛江 524091中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室,广东湛江 524091中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室,广东湛江 524091中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室,广东湛江 524091中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室,广东湛江 524091
农业科技
荔枝泛素结合酶基因家族表达分析
《热带作物学报》 2022 (5)
882-892,11
海南省自然科学基金项目(No.321MS077)广东省重点研发计划项目(No.2018B020202011)国家荔枝龙眼产业技术体系项目(No.CARS-32-20).
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