大白菜KCS基因家族鉴定及在蜡粉近等基因系中表达分析OA北大核心CSCDCSTPCD
β-酮脂酰辅酶A合成酶(β-ketoacyl-CoA synthase,KCS)是超长链脂肪酸合成中的限速酶,通过对大白菜KCS基因家族鉴定分析,为揭示KCS在控制大白菜蜡质性状中的具体功能研究奠定了基础。利用生物信息学的分析方法鉴定大白菜KCS基因家族成员,分析其亲缘关系、蛋白质理化性质、染色体定位、共线性关系、基因结构、蛋白保守域结构和基因表达模式。从大白菜全基因组共鉴定到32个BrKCS基因成员分成4个亚组,不均匀地分布在10条染色体上。BrKCS氨基酸长度和分子量的范围分别为181-755 aa和20.54-84.83 kD。共线性分析表明BrKCS5、BrKCS8和BrKCS13等7个家族成员与拟南芥共线性的BrKCS基因发生两倍化,1个家族成员(BrKCS9)发生了三倍化。基因结构分析显示,不同成员编码的氨基酸序列外显子数目及位置存在差异。转录组分析表明,BrKCS5、BrKCS6b与BrKCS10b基因在大白菜不同器官/组织尤其在花器官中可能参与蜡粉的合成。qRT-PCR分析结果验证了转录组数据的可靠性。综上所述,从大白菜全基因组共鉴定到32个BrKCS,其中3个基因在蜡粉近等基因系中表达量高且差异显著,为解析BrKCS基因在控制大白菜蜡质性状中的分子机制奠定了基础。
王荣花;王树彬;张志刚;赵智中;李巧云;王立华;刘栓桃
山东省农业科学院蔬菜研究所国家蔬菜改良中心山东分中心山东省设施蔬菜生物学重点实验室农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东),济南250100山东省农业科学院蔬菜研究所国家蔬菜改良中心山东分中心山东省设施蔬菜生物学重点实验室农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东),济南250100山东省农业科学院蔬菜研究所国家蔬菜改良中心山东分中心山东省设施蔬菜生物学重点实验室农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东),济南250100山东省农业科学院蔬菜研究所国家蔬菜改良中心山东分中心山东省设施蔬菜生物学重点实验室农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东),济南250100山东省农业科学院蔬菜研究所国家蔬菜改良中心山东分中心山东省设施蔬菜生物学重点实验室农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东),济南250100山东省农业科学院蔬菜研究所国家蔬菜改良中心山东分中心山东省设施蔬菜生物学重点实验室农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东),济南250100山东省农业科学院蔬菜研究所国家蔬菜改良中心山东分中心山东省设施蔬菜生物学重点实验室农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东),济南250100
园艺学与植物营养学
大白菜KCS基因家族蜡质多倍化表达分析
《生物技术通报》 2022 (4)
P.86-96,11
山东省自然科学基金项目(ZR2019BC048)山东省农业良种工程项目(2019LZGC006)山东省农业良种工程项目(2019LZGC01703)。
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