黄桃叶绿体基因组的组装与序列分析OA北大核心CSTPCD

以'锦绣'黄桃为试材,利用Illumina NovaSeq 6000测定'锦绣'黄桃的DNA序列,用SPAdes v3.10.1组装叶绿体基因组,以桃树叶绿体基因组为参考,对其进行叶绿体基因组特征和进化树分析,为进一步开展'锦绣'黄桃遗传与鉴定学研究奠定良好基础.结果表明:'锦绣'黄桃叶绿体基因组全长为157786 bp,具有典型的四分体环状结构,GC含量为36.77％,AT含量为63.23％,包括1个大单拷贝区(LSC)、1对反向重复区(IR)和1个小单拷贝区(SSC),序列长度分别为85924、26381、19100 bp,LSC、IR和SSC区域中的GC含量分别为34.61％、42.58％、30.41％.'锦绣'黄桃的叶绿体基因组共注释得到130个基因,包括85个蛋白编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因;按照功能分类将其分为光合作用相关基因、自我复制相关基因、其他基因和未知功能基因4大类,在这些基因中包括18个双拷贝基因,分别是1个NADH脱氢酶亚基基因(ndhB)、4个自我复制基因(rpl2、rpl23、rps12、rps7)、4个rRNA基因(rrn16、rrn23、rrn4.5、rrn5)、7个tRNA基因(trnA-UGC、trnI-CAU、trnI-GAU、trnL-CAA、trnN-GUU、trnR-ACG、trnV-GAC)、2个未知功能蛋白基因(ycf1、ycf2).在'锦绣'黄桃叶绿体基因组中查找248个SSR位点,分布在LSC、SSC、IR区域的SSR数量分别为165、44、39个,占比分别为66.53％、17.74％、15.73％,以单核苷酸重复占绝对优势,主要是A/T,其次是三核苷酸类型,其优势重复单元类型是ATA、TAT和T TA.进化树分析表明,'锦绣'黄桃与桃树(Prunus persica,MH169125.1)亲缘关系最近.本研究建立了适于'锦绣'黄桃完整叶绿体基因组组装及其特征分析的方法,为'锦绣'黄桃的鉴定和系统发育研究奠定基础.