2例新型冠状病毒肺炎病例的流行病学及基因特征分析OACSTPCD

目的应用第3代纳米孔基因测序技术对新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)患者进行流行病学溯源分析,为新冠肺炎疫情防控及时提供数据支持和决策依据。方法回顾性分析江苏省扬州市2例境外输入新冠肺炎患者的临床资料、实验室检测指标和第3代纳米孔全基因组测序结果,对2例患者分别进行流行病学及基因组特征分析。结果2例患者发病前14 d内均有境外旅居史,确诊后均严格执行闭环管理,未出现后续感染病例。2例患者临床症状轻微,核酸循环阈值(Ct值)较低,其中病例1的新型冠状病毒IgG抗体检测结果为阳性(化学发光法)。病例1、病例2标本的基因测序结果显示,基因长度分别为29873、29850 bp,覆盖度分别为99.85%、99.83%。基因进化树分析结果显示,2例患者感染毒株均为奥密克戎变异株,分属不同分支。病例1感染毒株为奥密克戎变异株BA.1.1,与hCoV-19_USA_FLCDC-STMN2MXMA3HU_2021同源性最高(99.95%),病例2感染毒株为奥密克戎变异株BA2.2.3,与hCoV-19_Finland_THL-202205846_2022、hCoV-19_Japan_PG-177427_2022等同源性最高(100.00%)。与标准参考株相比,2例患者感染的毒株基因组S蛋白分别出现31、28个氨基酸位点突变。结论2例新冠肺炎患者均为境外输入轻症病例,奥密克戎变异株基因序列在S蛋白受体结合区域出现多个位点改变,影响了病毒特性。闭环管理和佩戴N95口罩能有效防止奥密克戎变异株的传播。第3代纳米孔基因测序技术可用于新型冠状病毒溯源分析,在地市级疾控机构精准化防控策略的实施中具有较好的应用前景。