新冠病毒核衣壳蛋白结构与功能的生物信息学分析及原核表达OA北大核心CSTPCD
Bioinformatics analysis for structure and function of nucleocapsid protein of SARS-CoV-2 and its prokaryotic expression
目的:对SARS-CoV-2核衣壳(N)蛋白进行系统生物信息学分析和原核表达,阐明其功能和病毒RNA复制机制.方法:采用UniProt、NetPhos 3.1、IEDB和Blast等生物信息学软件对N蛋白的理化性质、蛋白互作网络、翻译后修饰、同源性及系统进化关系等生物学特性进行系统分析.构建原核表达质粒pET-22b-N并表达蛋白.结果:N蛋白是由419个氨基酸组成的碱性蛋白,分子量为45.62 kD,等电点为10.07,其N端有1个RNA结合结构域,C端有1个二聚体界面,有57个可能的磷酸化修饰和25个潜在糖基化修饰,15个T细胞抗原表位和11个线性B细胞抗原表位,无信号肽和跨膜螺旋,是一种亲水性蛋白.N蛋白中无规则卷曲占比最高(54.42％),其次为α-螺旋(22.20％).与N蛋白序列一致性最高的是BtRs-β-冠状病毒/HuB2013和蝙蝠冠状病毒Rp/Shaanxi2011,进化分析显示SARS-CoV-2与蝙蝠非典型冠状病毒YNLF 31C聚为一支.原核表达后发现,细菌裂解液离心后的沉淀中有大量N蛋白表达,为后续蛋白纯化和结构分析提供了依据.结论:N蛋白在SARS冠状病毒和蝙蝠冠状病毒间高度保守,为SARS-CoV-2 N蛋白结构与功能研究提供了基础,为靶向N蛋白的抗病毒药物设计提供了依据.
徐本锦;刘玲;杨娅男;汤文婷;寇妍祺;余骏骁;范蕾;杜淼;宣焱;李璟;李卓禧;陈晓聪;吴惠文;门杰
山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院基础医学部,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院基础医学部,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院基础医学部,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院基础医学部,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200山西医科大学汾阳学院医学检验系,汾阳 032200
生物科学
新冠病毒核衣壳蛋白生物信息学分析载体构建原核表达
《中国免疫学杂志》 2022 (24)
2963-2972,10
本文受山西省高等学校科技创新项目(2020L0749)国家级大学生创新创业训练计划项目(202117114001)山西省高等学校大学生创新创业训练计划重点项目(S202117114008)山西医科大学汾阳学院引进人才启动金项目(2020A01)吕梁市科技计划项目(2020SHFZ29,2020XGZX104)山西医科大学汾阳学院大学生创新创业训练计划项目(FDC202111)资助.
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