红芽芋及荔浦芋叶绿体基因组测序及比较分析OACSTPCD
Comparative Analysis and Sequencing of Chloroplast Genome of Colocasia esculenta var. Redbud and Colocasia esculenta var. Lipu
为明确红芽芋、荔浦芋叶绿体基因组的基本特征及其差异,本研究以江西铅山红芽芋和广西荔浦芋为研究对象,采用改良CTAB法提取2种芋新鲜叶片基因组DNA,利用高通量测序技术获得2种芋全长叶绿体基因组序列,并进行SSR检测、序列比对、遗传多样性滑窗分析和系统发育树构建分析.结果表明,红芽芋和荔浦芋的叶绿体基因组全长分别为162478 bp和162453 bp,均呈现典型的环状双链四分体结构,二者均注释到131个基因,包括蛋白编码基因86个,tRNA基因37个,rRNA基因8个,其中具有2个拷贝的基因18个,具有内含子的基因23个.简单重复序列(SSR)位点分析发现,红芽芋和荔浦芋基因组序列分别含有130和124个SSR,二者SSR序列中A/T碱基含量分别占63.08％和61.29％,基于其SSR位点分析开发出15条具有多态性的SSR引物.红芽芋和荔浦芋叶绿体基因组共检测到236个SNP位点,26.7％的SNP位点发生在编码区,其中有25个基因发生错位突变,这些基因的变异可能促进了2种芋之间的性状变异.与天南星亚科已公布的13个属代表植物叶绿体基因组进行比较,其基因结构、种类和数量都比较保守,trnS-trnG和ndhF-rpl32分别是SSC区和LSC区的最高变异位点.最大似然法构建的系统发育树显示芋属与皂七属亲缘关系最为相近,与斑龙芋属亲缘关系较远.本研究结果将为我国特色芋种质资源开发利用、遗传多样性评价和系统发育分析奠定理论基础.
贾芯碧;朱强龙;潘饶;肖遥;罗莎;单楠;孙静宇;汪生林;周庆红;黄英金
江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045江西省薯芋生物学重点实验室/江西农业大学,江西南昌 330045
农业科技
红芽芋荔浦芋叶绿体基因组SSRSNP系统发育分析
《热带作物学报》 2023 (5)
结合RNA-seq与GWAS发掘多子芋侧球茎膨大显著关联位点和重要候选基因
880-893,14
国家自然科学基金项目(No.32060683)江西省自然科学基金项目(No.20202ACBL215006)江西重点研发计划项目(No.20212BBF61001).
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