单核细胞增生李斯特菌LMXJ15全基因组测序及分析OACSTPCD
Whole Genome Sequencing and Analysis of Listeria monocytogenes Strain LMXJ15
为了解新疆地区单核细胞增生李斯特菌LMXJ15 菌株的的基因组特征和进化关系.采用PacBio和Illumina HiSeq测序对LMXJ15 菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行预测、注释,并进行多位点序列分型(mutilocus sequence typing,MLST)及共线性分析菌株间的同源性.结果显示单核细胞增生李斯特菌LMXJ15 菌株基因组总长度为 3 017 732 bp,平均GC含量为 37.81%,预测到 3 154 个编码基因,编码基因总长度为 2 734 315 bp;包含 6 个rRNA操纵子和 57 个tRNA.编码基因通过CRT预测,发现一个CRISPR序列;通过GO数据库的对比分析,得到三类功能方面的 2 241 个基因.预测到可能的毒力基因88 个.MLST分析显示LMXJ15 菌株为ST8 型(sequence type,ST),属于CC8(clonal complex,CC)复合克隆系;进化分析显示其与意大利分离株IZSAM_Lm_15_17439_A144、瑞士分离株LmN1546 和一株从熏鲑鱼分离菌株R479a在同一个进化分支上,具有相同的ST型和血清型(1/2a),并通过比较基因组分析显示 4 株LM的基因组之间的共线性较好.该研究初步分析了LMXJ15 菌株基因组特征,毒力基因携带情况,为新疆地区单核细胞增生李斯特菌毒力和进化关系研究提供基础数据.
杜冬冬;钱晶;李思琪;刘雯菲;魏向利;刘长勇;罗瑞峰;康立超
新疆农垦科学院分析测试中心 新疆生产建设兵团食品检验所, 石河子 832000新疆农垦科学院分析测试中心 新疆生产建设兵团食品检验所, 石河子 832000新疆农垦科学院分析测试中心 新疆生产建设兵团食品检验所, 石河子 832000新疆农垦科学院分析测试中心 新疆生产建设兵团食品检验所, 石河子 832000新疆农垦科学院分析测试中心 新疆生产建设兵团食品检验所, 石河子 832000新疆农垦科学院分析测试中心 新疆生产建设兵团食品检验所, 石河子 832000新疆农垦科学院分析测试中心 新疆生产建设兵团食品检验所, 石河子 832000新疆农垦科学院分析测试中心 新疆生产建设兵团食品检验所, 石河子 832000
单核细胞增生李斯特菌全基因组多位点序列分型
Listeria monocytogeneswhole genomemultilocus sequence typing
《生物技术通报》 2023 (7)
298-306,9
新疆农垦科学院院级科研项目(2020YJ017),江苏省人兽共患病学重点实验室资助项目(R1901)
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