越南槐全长转录组测序及分析OACSTPCD
Sequencing and Analysis of Full-length Transcriptome of Sophora tonkinensis Gagnep.
目的:获得越南槐Sophora tonkinensis Gagnep.全长转录组数据,为深入挖掘越南槐功能基因提供参考.方法:采用PacBio Sequel高通量测序系统,对越南槐根、茎、叶、果 4 个部位的混合样品进行全长转录组测序及分析.结果:共获得 214 159 条环形一致性序列(CCS),获得 208 156 个高质量 isoforms,并在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt数据库中共注释了 170 150 个isoforms,检测出 4055 个转录因子和 38 445 个简单重复序列,预测到 80 041 个长链非编码RNAs(lncRNAs)和 39 817 个mRNAs.结论:获得了较为可靠的越南槐全长转录组数据,可为深入研究越南槐生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持.
梁莹;缪剑华;韦桂丽;胡营;秦双双;韦筱媚;韦坤华;林杨;唐美琼;韦范
广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023
中医学
越南槐全长转录组测序分析功能注释
Sophora tonkinensis Gagnep.full-length transcriptomesequencing and analysisfunction annotation
《中国现代中药》 2023 (7)
干旱胁迫调控山豆根苦参碱合成的关键miRNAs鉴定与功能研究
1396-1406,11
广西创新驱动发展专项(桂科AA18242040)广西自然科学基金项目(2020GXNSFBA159018,2020GXNSFAA297069)国家自然科学基金项目(82060689)科技基础资源调查专项(2018FY100700)对发展中国家科技援助项目(KY201904001)广西科技计划项目(桂科AD22080012)
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