广西莪术全长转录组测序及生物信息学分析OACSTPCD
Full-length Transcriptome Sequencing and Bioinformatic Analysis of Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liang
目的:获取广西莪术的全长转录组信息,了解其转录组的整体水平,挖掘姜黄素类生物合成通路基因.方法:利用 Pacbio Sequel测序平台对广西莪术根、茎、叶、花 4 个部位的混合样品进行全长转录组测序,结合生物信息学等方法进行功能注释、代谢通路分析、简单序列重复(SSR)分析.结果:共获得原始数据14.47 Gb,经纠错、过滤、去冗余得到高质量一致性序列 151 218 条.对所有转录本在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt七大功能数据库进行注释及分类,结果有 128 414 个基因被注释,占比 84.92%.共有 325个基因参与姜黄素的生物合成,编码 4-香豆酸-辅酶A连接酶、苯丙氨酸解氨酶、姜黄素合成酶、二酮-辅酶A合成酶、肉桂酸-4-羟化酶和咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶 6 个关键酶.MISA分析共发现 32 459 个SSR位点,以单核苷酸重复数量最多,占全部重复类型的 38.63%;1～3 个核苷酸重复序列占主导位置,占总 SSR 位点的93.58%.结论:在高通量全长转录组水平对广西莪术进行研究,对姜黄素合成相关基因进行了挖掘,为后续阐明广西莪术姜黄素生物合成分子机制提供依据,为进一步研究广西莪术的分子标记和优良基因挖掘提供数据基础.
胡营;彭玉德;雷明;唐美琼;梁莹;韦筱媚;缪剑华
广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023
中医学
广西莪术全长转录组功能注释简单序列重复
Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liangfull-length transcriptomefunctional annotationsimple sequence repeat
《中国现代中药》 2023 (7)
1417-1427,11
广西创新驱动发展专项(桂科AA18242040)广西中医药管理局自筹经费科研课题(GXZYA20220006)广西科技创新联项目(桂科202211)
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