菝葜全长转录组测序及分析OACSTPCD
Full-length Transcriptome Sequencing of Smilax china L.
目的:获得菝葜Smilax china L.全长转录组数据,深入挖掘其功能基因.方法:采用PacBio Sequel测序平台,分别提取菝葜根、茎、叶 3 个部位的RNA,将样品等量混合后进行全长转录组测序及分析.结果:共获得转录本 122 324 个,N50 长度为 1400 nt,鸟嘌呤和胞嘧啶(GC)占比为 45.32%,其中 92 878 个(75.93%)转录本在七大数据库中注释.非冗余蛋白(NR)注释中,与菝葜最相近的物种是海枣Phoenix dactylifera L.,匹配程度达 17.39%;真核生物相邻类的聚簇(KOG)数据库注释中,比对到一般功能预测的转录本最多,有 17 875个;基因本体(GO)数据库注释中,66 001 个转录本分布于生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的 45 个功能组;京都基因与基因组百科全书(KEGG)注释中,参与菝葜生物合成和其他次生代谢转录本 4286 个,其中参与黄酮类化合物生物合成的转录本 1478 个、参与皂苷生物合成的转录本 162 个、参与芪类化合物生物合成的转录本 4个、参与其他有机化合物合成的转录本 2642 个.在基因结构分析中,共得到 64 612 个编码序列、2003 个转录因子.此外,简单序列重复(SSR)分析表明,33 118 个SSR中最多的优势重复单元为腺嘌呤(A)G/C胸腺嘧啶(T),同时还预测到 44 580 个长链非编码RNA和 28 229 个mRNA.结论:获得了菝葜全长转录组数据,可为深入研究菝葜生长发育、相关代谢途径、胁迫响应及生物遗传多样性提供数据支持.
秦双双;周鹏程;胡营;杨晓男;梁莹;韦范;林杨;韦坤华;缪剑华
广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023广西壮族自治区药用植物园 广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心,广西 南宁 530023
中医学
菝葜全长转录组基因注释基因结构
Smilax china L.full-length transcriptomefunctional annotationgene structure
《中国现代中药》 2023 (7)
光照介导的SsMYBs转录因子调控鸡血藤儿茶素生物合成的分子机制研究
1451-1462,12
广西创新驱动发展专项(桂科AA18242040)广西自然科学基金项目(2021GXNSFAA196054)国家自然科学基金项目(82160723)科技基础资源调查专项(2018FY100700)对发展中国家科技援助项目(KY201904001)广西农业科技创新联盟项目(桂农科盟202211)广西药用植物保育人才小高地项目
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