蟾蜍TNFRSF11b、TNFRSF9基因克隆及生物信息学分析OACSTPCD
Cloning and Bioinformatics Analysis of TNFRSF11b and TNFRSF9 in Bufo gargarizans Cantor
目的:克隆中华蟾蜍肿瘤坏死因子受体超家族(TNFRSF)BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9 基因的全长序列,并分析其序列特征.方法:根据转录组测序所得的TNFRSF11b、TNFRSF9 基因片段设计特异性引物,以中华蟾蜍蟾皮为材料,利用逆转录聚合酶链式反应(PCR)技术获得BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9 基因全长互补脱氧核糖核酸(cDNA)序列,并采用生物信息学手段分析其序列特征,通过实时荧光定量 PCR 方法检测BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9 基因在中华蟾蜍 7 种组织/器官中的表达情况.结果:克隆获得蟾蜍BbgTNFRSF11b基因的全长cDNA序列为 1233 bp,编码 410 个氨基酸,理论相对分子质量为 46.97 kDa,等电点为 8.64,不存在跨膜区及信号肽,为亲水性蛋白,具有多个磷酸化位点.BbgTNFRSF9 基因的全长cDNA序列为 829 bp,编码 247 个氨基酸,理论相对分子质量为 67.874 kDa,理论等电点为 5.12,存在信号肽,为疏水性蛋白,具有多个磷酸化位点,进化树分析发现BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9 基因与其他动物TNFRSF11b、TNFRSF9 基因相似度不高,表明该基因虽有特殊结构域但不同物种间差异较大.组织表达分析显示,BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9 基因在耳后腺中表达显著高于其他部位.结论:成功获得蟾蜍BbgTNFRSF11b、BbgTNFRSF9 基因序列,掌握其序列特征,为后续深入研究该蛋白的功能提供参考.
苏岩;褚涵;余坤;潘瑞;叶陈娟;李军德;黄晓;张恬
重庆市中药研究院 重庆市中药资源学重点实验室,重庆 400065湖北中医药大学 药学院,湖北 武汉 430065湖北中医药大学 药学院,湖北 武汉 430065重庆市中药研究院 重庆市中药资源学重点实验室,重庆 400065||中国中医科学院 中药资源中心 重庆分中心,重庆 400065重庆市中药研究院 重庆市中药资源学重点实验室,重庆 400065||中国中医科学院 中药资源中心 重庆分中心,重庆 400065中国中医科学院 中药资源中心,北京 100700湖北中医药大学 药学院,湖北 武汉 430065||中药资源与中药化学湖北省重点实验室,湖北 武汉 430060中国中医科学院 中药资源中心,北京 100700
中医学
蟾蜍基因克隆序列分析肿瘤坏死因子受体超家族
Bufo gargarizans Cantorgene cloningsequence analysistumor necrosis factor receptor superfamily(TNFRSF)
《中国现代中药》 2023 (8)
1655-1667,13
重庆市科技局绩效激励引导专项(cqac20190001)湖北中医药大学2020年青苗计划资助项目(2020ZZX002)
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