小串链霉菌XG40全基因组测序及序列分析OACSCDCSTPCD
Whole-genome Sequencing and Analysis of Streptomyces catenulae XG40
小串链霉菌(Streptomyces catenulae)XG40 是一株对蜜柚黑斑病等真菌病害具有较好拮抗作用的生防放线菌.本研究通过第三代PacBio全基因组测序平台,对小串链霉菌XG40 进行全基因组测序和分析,共获得 3 个contigs,包含 1 个染色体DNA和 2 个质粒DNA,其基因组全长为 9 772 324 bp,GC含量为 70.58%,蛋白编码基因 8074 个,占整个基因组的 96.41%.利用antiSMASH软件,预测到 46 个次级代谢产物合成基因簇,其中包含聚酮合成酶(PKS)和非核糖体肽合成酶(NRPS)的基因簇共有 24 个,占总基因簇数量的 52.17%.有 7 个基因簇与已知基因簇(desferrioxamin B、pristinol、Neoantimyci、2-methylisoborneol、nigericin、ectoine、geosmin)的相似性为 100%,4个基因簇与已知基因簇(miharamycin A/B、SW-163C/E/F/G/UK-63598、gilvocarcin V、coelibactin)的相似性在 80%以上,比较分析发现该菌株具备一定的合成尼日菌素和褐黄癌菌素V等抗菌物质的能力.共线性分析表明XG40 与根霉链霉菌(S.rhizosphaericus)DSM 41760、马来西亚链霉菌(S.malaysiensis)DSM 14702、黑孢链霉菌(S.melano-sporofaciens)DSM 40318 和(S.himastatinicus)ATCC 53653 四株链霉基因组之间存在插入和缺失、倒位、易位等基因组重排事件.该研究结果为深入挖掘XG40 生防潜力,开发可用于农业生物防治的次级代谢产物提供理论基础.
赖宝春;戴瑞卿;曾天宝;陈淑妹;姚锦爱
福建省漳州市农业科学研究所,福建漳州 363005福建省漳州市农业科学研究所,福建漳州 363005福建省漳州市农业科学研究所,福建漳州 363005福建省漳州市农业科学研究所,福建漳州 363005福建省作物有害生物监测与治理重点实验室/福建省农业科学院植物保护研究所,福建福州 350013
植物保护学
小串链霉菌全因组测序次级代谢合成基因簇比较基因组分析
Streptomyces catenulaewhole-genome sequencingsecondary metabolite biosynthetic gene clusterscom-parative genomic analysis
《热带作物学报》 2023 (9)
1754-1765,12
福建省科技计划项目(No.2020N0057)福建省农业科学院科技创新团队建设项目(No.STTT2021-2-2)福建省人民政府中国农业科学院农业高质量发展超越"5511"协同创新工程(No.XTCXGC2021011).
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