耐盐碱粗根茎莎草高通量测序及生物学信息分析OA

粗根茎莎草是海岸沙丘生态系统的重要组成部分.为了解析自然生长条件下粗根茎莎草基因表达情况,采用高通量测序技术,对海滨自然生长的粗根茎莎草的根、茎和叶混合样品进行转录组测序分析.结果显示,粗根茎莎草一共获得高通量测序数据8.44 Gb,Q30大于 92.45%;获得 27 276 个Unigene基因,平均长度为 1103.12 bp,N50 长度 1 763 bp,GC含量 44.71%;在NR、Swiss-Prot、Pfam、COG、GO和KEGG分别注释到 17932、14080、14215、16703、15387 和 7705 个Unigene基因;有 21419 个CDS序列,其中有 2476 个CDS序列长度大于 1800 bp;有 617 个转录因子和 10 945 个SSR位点;同时,筛选到 242 个环境适应基因,其中与逆境胁迫相关基因 96 个,与耐盐碱相关基因 25 个.本研究结果为今后开展粗根茎莎草耐盐碱基因的筛选和功能鉴定奠定了理论基础.