黑色素瘤外泌体基因的差异分析和ceRNA网络构建OA

目的分析黑色素瘤(MEL)和健康人外周血外泌体差异表达基因,构建竞争性内源RNA(CeRNA)网络,寻找MEL新的分子机制。方法从exoRBase 2.0外泌体数据库中下载21例黑色素瘤病人和118名健康人外周血RNA表达数据谱(包括mRNA、lncRNA和circRNA),利用R的limma包和Cytoscape软件找出差异表达基因,预测miRNA后构建CeRNA网络并可视化,并对CeRNA网络中的mRNA进行GO富集分析。结果筛选出138个差异表达mRNA,135个差异表达lncRNA和33个差异表达circRNA。通过构建CeRNA网络发现,mRNA、lncRNA和circRNA竞争性地结合miRNA,且与miRNA相结合的circRNA表达均下调,mRNA表达大多下调,而lncRNA的表达则大多数呈现上调的趋势。CeRNA网络中的差异表达mRNA GO富集分析显示,这些基因主要与mRNA分解代谢过程的调节等相关。结论健康人群和MEL患者外周血外泌体具有显著差异性,且mRNA、lncRNA和circRNA可以竞争性地与MEL相关的miRNA结合,实现相互调控。这些CeRNA基因为进一步研究MEL发生发展提供了分子基础,为MEL早期检查和治疗提供新靶点。