2020-2021年我国规模化猪场猪圆环病毒2型和3型的分子流行病学调查分析OA北大核心CSTPCD

采集13个省市自治区的491个规模化猪场的1447份疑似猪圆环病毒感染样本,通过荧光定量PCR方法进行猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的检测。分别随机选取50份PCV2和PCV3阳性样品,对其ORF2基因进行测序并分别进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析。结果显示,样本中PCV2和PCV3检出率分别为29.16%(422/1447)和18.93%(274/1447)。规模化猪场中PCV2和PCV3检出率分别为47.05%(231/491)和15.68%(77/491),PCV2和PCV3混合感染率为23.81%,混合感染高于单一感染,与猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪肺炎支原体(MhP)等病原体以多种组合的混合感染形式出现。50个PCV2序列与16个参考毒株序列的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为75.6%~100%和83.1%~99.1%,PCV3对应同源性分别为95.9%~100%和96.3%~100%。分子遗传进化分析显示PCV2d占80%(40/50),PCV2a占4%(2/50),PCV2b占16%(8/50),未检测到PCV2c和PCV2e。PCV3a、PCV3b和PCV3c分别占28%(14/50)、22%(11/50)和50%(25/50)。表明2020-2021年我国规模化猪场PCV2的主要流行基因型是PCV2d,其次为PCV2a和PCV2b。PCV3c为我国规模化猪场中的主要流行基因型,而PCV3a和PCV3b流行率也依然较高。论文对我国猪圆环病毒的分子流行病学进行了数据补充,对临床防控起到了预警作用,也为猪圆环病毒疫苗的研发提供参考。