基于70K SNP芯片评估牙山黑绒山羊保种群体的遗传结构OACSTPCD

试验旨在探究牙山黑绒山羊核心种群的遗传多样性,分析群体遗传结构和群体内个体间的亲缘关系,并评估保种效果.使用GGP Goat 70K芯片对 50 只牙山黑绒山羊(公母各 25 只)核心群个体进行SNP分型,并使用Plink进行质控后,开展遗传多样性分析、群体亲缘关系分析以及群体家系结构分析.结果显示质控后共获得 54 668 个SNPs位点用于后续分析.遗传多样性分析结果为:各标记位点的最小等位基因频率为0.254 1,平均期望杂合度为 0.326 3,平均观察杂合度为 0.329 2,多态信息含量为 0.326 3,多态性标记比例为 85.85%,表明牙山黑绒山羊核心种群遗传多样性丰富.群体亲缘关系分析结果表明:该群体的ROH平均长度为 9.89 Mb,46.94%为 5～10 Mb的片段,基于ROH的平均近交系数为 0.074 7,近交程度较低.主成分分析可见,该核心群可分为 3 个亚群;群体的平均IBS遗传距离为 0.309 0,与G矩阵结果相似度较高,说明个体间的亲缘关系较近.群体的家系结构分析结果提示公羊大致可分为 3 个群体,10 个家系,与主成分分析结果一致;其中一个家系中公羊多达 16 只,揭示各家系间个体数差异明显,需增加小家系群体的留种率.综上所述:牙山黑绒山羊群体遗传多样性丰富,保种效果较好;群体近交程度较低,但个体间亲缘关系较近,公羊的血统数量较少,各家系间个体数差异明显;牙山黑绒山羊后期繁育需通过制定合理的选种选配方案,结合引入新的血统,扩大核心种群数量,增强其保种效果.