5个牛种X染色体单纯型微卫星分布规律及其差异研究OACSTPCD

为探究牦牛、普通牛、瘤牛、水牛和印度野牛X染色体基因组序列中单纯型微卫星(Perfect Microsatellites)的分布规律及其差异,本研究利用Krait v 1.4.0 软件对以上 5 个牛种X染色体基因组中的单纯型SSRs序列进行了检测,并对其分布特征进行了综合分析.结果表明,在牦牛、普通牛、瘤牛、水牛和印度野牛的X染色体基因组序列中分别筛选到 41 321、44 200、44 075、45 206 个和 45 701 个单纯型SSRs;普通牛X染色体中的单纯型SSRs相对频率最高(317.96 loci/Mb),其次是水牛(315.70 loci/Mb)、印度野牛(312.74 loci/Mb)和牦牛(303.08 loci/Mb),而瘤牛最低(296.16 loci/Mb);水牛X染色体中单纯型SSRs序列总长度占比最高(0.58%),普通牛(0.57%)、牦牛(0.57%)和印度野牛(0.56%)次之,瘤牛最低(0.53%).5 个牛种的X染色体中,单碱基重复类型的SSRs相对频率均最高,其次是两碱基、三碱基、五碱基、四碱基和六碱基重复类型,且单碱基、两碱基、三碱基、四碱基和五碱基重复类型中单纯型SSRs数量最多的重复拷贝类别相同,分别是A、AC、AGC、AAAT和AACTG,普通牛六碱基重复类型中AACCCT重复拷贝类别的SSRs数量最多,牦牛、瘤牛、水牛和印度野牛则是AAAAAC重复拷贝类别的SSRs数量最多.各牛种间相同重复类型的SSRs其重复单元的拷贝数集中的范围基本一致,6 种重复类型的SSRs其重复单元的拷贝数分别集中在 12～28 次(单碱基)、7～24 次(两碱基)、5～13 次(三碱基)、4～8 次(四碱基)、4～7 次(五碱基)和 4～10 次(六碱基).5 个牛种X染色体上单纯型SSRs的分布模式均为非随机分布,部分单纯型SSRs(如重复基序为AT、ATCC、AACCCG的SSRs)倾向于聚集在X染色体的某一个区域,各牛种X染色体中发生聚集的SSRs类别和区域存在差异,显示单纯型SSRs在各牛种X染色体中拥有独特的分布模式.本研究结果为深入了解各牛种X染色体基因组序列中单纯型SSRs的组成和分布特征提供了参考,并为进一步探讨各牛种X染色体基因组中重复序列的进化规律和生物学功能奠定了基础.