基于生物信息学分析探索PCDHGB4在肺鳞癌发生中的作用OA北大核心CSTPCDMEDLINE

背景与目的 肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的亚型之一。有报道原钙黏蛋白γ家族的成员能通过抑制Wnt信号通路来调节肿瘤细胞的生长,原钙黏蛋白γ B4 (protocadherin-gamma subfamily B4,PCDHGB4)作为家族成员在LUSC中的研究少有报道,本研究旨在通过生物信息学方法探究PCDHGB4在LUSC发生发展中的作用及潜在的预后价值。方法应用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、cBioPortal和UALCAN等数据库,对PCDHGB4在LUSC中的表达与预后、临床病理特征、免疫细胞浸润、免疫调节基因、免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)和甲基转移酶等进行分析。单细胞水平的研究对细胞亚型的聚类结果和PCDHGB4在不同免疫细胞亚群中的表达情况进行了分析。此外,我们还比较了LUSC组织与正常组织中PCDHGB4的启动子甲基化水平,并对其进行了蛋白质-蛋白质相互作用和突变分析。最后基于差异表达基因进行富集分析。结果生信分析结果显示PCDHGB4在LUSC组织的表达水平低于正常组织。生存分析显示,PCDHGB4表达增加与患者较差的预后有关。单细胞分析显示,PCDHGB4主要在T细胞、单核细胞或巨噬细胞以及树突状细胞中表达,进一步发现PCDHGB4在肿瘤免疫中发挥着不可忽视的作用,并证实了PCDHGB4与免疫检查点途径基因、免疫调节基因和甲基转移酶有一定的相关性。此外,通过富集分析发现PCDHGB4参与了癌症相关的多条通路。结论PCDHGB4在LUSC中低表达,PCDHGB4与患者预后不良有关,并且PCDHGB4与肿瘤免疫细胞浸润和通路密切相关。PCDHGB4可能是LUSC潜在的预后标志物和免疫治疗新靶点。