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基于生物信息学的克罗恩病中炎症相关关键基因的筛选及验证OA北大核心CSTPCD

Screening and validation of key inflammation-related genes in Crohn's disease based on bioinformatics

中文摘要英文摘要

目的 应用生物信息学方法筛选并验证炎症相关基因在克罗恩病(CD)中的表达情况.方法 分别从基因表达综合(GEO)数据库和分子特征数据库(Msigdb)下载CD数据集(GSE193677、GSE66407和GSE179285)和炎症反应相关基因(IRGs).利用GSE193677数据集进行单样本基因集富集分析(ssGSEA),明确CD和健康对照人群中免疫细胞和炎症水平;然后利用DESeq2方法于CD数据集进行基因差异表达分析,以|log2FC|≥1…查看全部>>

Objective To screen and verify the expression of inflammation-related genes in Crohn's disease(CD)using bioinformatics methods.Methods Datasets of CD(GSE193677,GSE66407,and GSE179285)and inflammatory-related genes(IRGs)were down-loaded from the Gene Expression Omnibus(GEO)database and Molecular Signatures Database(MSigDB),respectively.First,single sample gene set enrichment analysis(ssGSEA)was performed on the GSE193677 dataset to determine the levels of imm…查看全部>>

于明鑫;杨爱明

中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院消化内科,北京 100730中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院消化内科,北京 100730

临床医学

克罗恩病炎症反应差异表达基因生物信息学

Crohn's diseaseinflammatory responsedifferentially expressed genesbioinformatics

《中国医科大学学报》 2024 (4)

324-331,8

国家临床重点专科项目(ZK108000)中央高水平医院临床研究专项专科提升项目(2022-PUMCH-B-024)中央高水平医院临床研究专项重点项目(2022-PUMCH-C-063)

10.12007/j.issn.0258-4646.2024.04.006

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