奇异双身虫线粒体基因组测定及其密码子偏好性分析OA北大核心CSTPCD

为确定奇异双身虫线粒体基因组基本结构特征并探究奇异双身虫分类地位,同时了解双身虫科物种的密码子偏好性,实验采用二代高通量测序技术获得奇异双身虫线粒体基因组序列,通过线粒体在线注释网站MITOS对线粒体基因组序列进行注释并通过Phylo-Suite(version1.2.2)软件对其结构进行分析,同时对奇异双身虫及其他8种双身虫科物种的线粒体蛋白质编码基因的密码子组成情况及密码子偏好性进行分析。结果显示,奇异双身虫的线粒体基因组序列长度为15713 bp(大非编码区未测全),A+T含量为68.7%,表现出明显的AT偏向。系统发育树结果显示,基于现有数据双身虫科物种聚为一支,支持双身虫科物种的单系性。对双身虫科物种的密码子使用偏好进行分析,结果显示双身虫科有效密码子数(ENC)为30.632~37.495,相对同义密码子使用度(RSCU)>1的密码子共有18个,偏好以碱基U(T)结尾。PR2-plot分析结果显示,T的使用频率高于A,G的使用频率高于C,突变和选择等因素均可对密码子的使用偏好产生一定的影响。中性绘图分析显示,奇异双身虫和马口鱼拟双身虫受突变压力的影响分别为61.89%和51.31%,其余7种双身虫受突变压力的影响均小于50%。双身虫科密码子偏好性存在略微差异,但都受突变压力、自然选择和碱基组成的共同影响。本研究可以为后续的系统进化研究提供重要依据。