水稻籽粒γ-氨基丁酸含量的全基因组关联分析OA北大核心CSTPCD

【目的】挖掘与水稻籽粒γ-氨基丁酸含量显著相关的SNP位点及候选基因,为揭示水稻籽粒γ-氨基丁酸合成与积累的遗传基础和分子机制提供理论依据,为高γ-氨基丁酸含量的水稻品种选育奠定基础。【方法】以139份西北早粳稻核心种质为实验材料,测定其籽粒γ-氨基丁酸含量,结合重测序基因型数据,进行全基因组关联(GWAS)分析,根据单倍型分析和基因注释筛选候选基因,通过表达谱数据库和荧光定量PCR对预测基因进行表达模式分析。【结果】水稻籽粒γ-氨基丁酸含量表现出丰富的变异,变异系数为31.25%。全基因组关联分析检测到分别位于第6、8、9、11和12号染色体上共6个有代表性的SNP位点,筛选出已克隆与γ-氨基丁酸含量有关的OsBADH2和OsGABA-T2基因,预测出6个与γ-氨基丁酸含量有关的候选基因,将LOC_Os09g10720基因列为重点分析基因,并进一步验证了其参与水稻籽粒中GABA分解的可能性。【结论】检测到6个与水稻籽粒γ-氨基丁酸含量显著关联的SNP位点。筛出6个可能与水稻籽粒γ-氨基丁酸含量相关的候选基因,分别是LOC_Os09g09750、LOC_Os09g09760、LOC_Os09g10210、LOC_Os09g09820、LOC_Os09g10280和LOC_Os09g10720,其中LOC_Os09g10720作为重点候选基因。