基于全基因组InDel分析我国细鳞鲑遗传分化及本地适应性OA北大核心CSTPCD

为了从全基因组InDel角度进行全国地理尺度细鳞鲑属遗传分化与适应性研究,文章对采自陕西、甘肃、新疆、河北和黑龙江的6个细鳞鲑群体(共90尾样本)进行建库测序及InDel检测分析。结果表明:6个细鳞鲑群体共检测到3056034个高质量InDel突变位点,缺失位点数大于插入位点数,将各基因区域标准化后观察到内含子区富集到相对更多的InDel位点。所有系统发育树分支中共统计到1715464个固定的InDel,占总数的56.08%,且主要位于每个谱系的基部。群体结构分析结果显示每个细鳞鲑地理群体均具有相对独立的遗传结构。适应性分析方面:利用群体分支统计方法检测到秦岭地区细鳞鲑适应性相关的621个候选受选择基因,并筛选到两个影响外显子序列的缺失位点,分别导致insr和dnhd1缺失了两个和一个氨基酸密码子。对所有候选受选择基因的富集分析结果显示主要在神经发育和代谢等途径发挥作用。研究可为秦岭细鳞鲑山区溪流生境适应性候选基因的深入挖掘及人工增殖和保护中分子标记的开发提供基础资料,也为进一步厘清细鳞鲑属物种分化提供参考。