PCR荧光探针技术对结核分枝杆菌复合群及利福平耐药性检测性能的评价OA北大核心CSTPCD

目的:评价PCR荧光探针技术检测痰液样本中结核分枝杆菌复合群(Mycobacterium tuberculosis complex,MTBC)和利福平耐药性效果,为进一步开展“结核分枝杆菌复合群及利福平耐药核酸检测试剂盒”多中心临床试验提供可行性研究数据。方法:采用前瞻性研究方法,参照入组标准收集2021年12月至2022年8月上海市3家结核病定点医院肺科门诊就诊的205例初诊疑似肺结核患者的3份痰液样本(即时痰、夜间痰、晨痰),分别进行痰涂片、BACTEC MGIT 960(MGIT 960)、GeneXpert MTB/RIF(Xpert)和PCR荧光探针法检测,评价PCR荧光探针法对痰液样本中MTBC及利福平耐药性的检测效能。另对随机选取同期上海市疾病预防控制中心结核病实验室菌株库中保存的96株MTBC临床菌株(包括利福平表型耐药菌株47株和利福平表型敏感菌株49株)分别进行PCR荧光探针法和Xpert检测利福平耐药性,分析两种检测方法对利福平耐药相关基因突变的检出情况。结果:205例疑似肺结核患者中,PCR荧光探针法对MTBC的检出率为22.44%(46/205),与MGIT 960[21.95%(45/205)]、Xpert[20.98%(43/205)]和痰涂片[16.10%(33/205)]的差异均无统计学意义(χ^(2)=0.014,P=0.904;χ^(2)=0.129,P=0.719;χ^(2)=2.650,P=0.104)。以临床诊断为参照标准,PCR荧光探针法、Xpert、MGIT 960和痰涂片检测MTBC的敏感度(95%CI)分别为48.10%(36.93%~59.56%)、48.10%(36.93%~59.56%)、50.63%(39.23%~61.97%)和40.51%(29.79%~52.15%),特异度(95%CI)分别为93.65%(87.47%~97.12%)、96.03%(90.52%~98.53%)、96.03%(90.52%~98.53%)和99.21%(95.01%~99.96%),一致率分别为76.10%(156/205)、77.56%(159/205)、78.54%(161/205)和76.59%(157/205),Kappa值分别为0.453、0.482、0.507和0.446。PCR荧光探针法检测痰液样本中MTBC的涂阴和极低级别阳性样本的检出率[10.73%(19/177)]与Xpert检测结果[8.47%(15/177)]的差异无统计学意义(χ^(2)=0.793,P=0.373)。PCR荧光探针法在检出MTBC的46份样本中同时检出6份样本发生利福平耐药基因突变,突变率为13.04%(6/46);而Xpert在检出MTBC的43份样本中仅同时检出1份样本发生利福平耐药基因突变,突变率为2.33%(1/43)。在96株临床菌株中,两种分子检测方法均检测到56株菌株发生利福平耐药基因突变,除2株探针突变类型不一致外,其他探针突变类型均一致,且多发生在probe E(529~533)和FAM通道(531/533突变)。结论:以临床诊断为参照标准,PCR荧光探针法检测MTBC的效能与MGIT 960、Xpert和痰涂片基本相当,且与Xpert检测MTBC临床菌株的利福平耐药性效果一致,认为PCR荧光探针法不仅是一种等同于Xpert检测功能的新技术,还具有操作简单、价格低于Xpert、真正实现一体化和全封闭等优势。建议在临床推广过程中进一步优化PCR荧光探针法以提高MTBC检出率,并开展多中心临床试验验证研究。