马铃薯CDF转录因子家族鉴定及逆境响应分析OA北大核心CSTPCD

为探究StCDFs转录因子家族在马铃薯逆境响应中的作用,利用生物信息学方法对马铃薯CDF基因家族成员进行系统发育关系、基因结构、保守基序、顺式作用元件、组织特异性表达分析以及激素处理和逆境胁迫响应分析,同时利用低温胁迫处理不同耐寒性品种后进行转录组数据分析及荧光定量验证。结果表明,在马铃薯中共鉴定出5个StCDFs成员(StCDF1、StCDF2、StCDF3、StCDF4、StCDF5);马铃薯CDF基因家族与番茄的亲缘关系较近;基因结构和保守基序分析表明,保守基序Motif 1在马铃薯StCDF蛋白中分布最广,保守性最强;顺式作用元件分析表明,StCDFs基因上游启动子广泛存在激素和胁迫响应元件,其中胁迫响应元件占比最大;StCDFs基因家族成员具有组织特异性表达模式且多数成员响应逆境胁迫处理;根据RNA-seq数据,发现StCDFs积极响应低温胁迫处理,随后进行qRT-PCR验证,发现基因表达变化趋势基本一致,StCDF1、StCDF2、StCDF3在低温胁迫下持续上调表达。