西藏桑桑牦牛CXCR2基因克隆及生物信息学分析OA北大核心
为了研究牦牛CXCR2基因的结构、生物学功能及影响牦牛生长发育的机制,以西藏桑桑牦牛脂肪组织cDNA为模板,利用RT-PCR克隆牦牛CXCR2基因的编码区序列(Coding sequence,CDS),并对其进行生物信息学分析、结构域预测及蛋白理化性质预测,利用RT-qPCR技术进行组织表达分析。结果表明,桑桑牦牛CXCR2基因的CDS区全长876 bp,共编码291个氨基酸;结构域预测结果显示,在CXCR2氨基酸序列的1~245位有1个Pfam家族的7tm_1结构域;CXCR2蛋白分析预测结果显示,该蛋白有5个跨膜结构,无信号肽区域,分子量32855.55 Da,原子总数4726个,分子式为C_(1524)H_(2416)N_(392)O_(374)S_(20),不稳定性指数29.45,表明该蛋白质为稳定蛋白,理论等电点9.86,脂肪系数120.27,总平均亲水系数-0.657,为疏水性蛋白,共有21个磷酸化位点;亚细胞定位预测结果显示,桑桑牦牛CXCR2基因主要分布于内质网(55.6%)、线粒体(22.2%)和细胞核(22.2%)中;系统进化树结果显示,桑桑牦牛与瘤牛亲缘关系最近,与水牛亲缘关系最远。
申金伟;洛桑顿珠;平措占堆;卓玛次仁;尼玛加措;成述儒;梁春年;
中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,甘肃省牦牛繁育工程重点实验室,兰州730050 甘肃农业大学动物科学技术学院,兰州730050西藏自治区农牧科学院畜牧兽医研究所,拉萨850004日喀则市昂仁县农业农村局,昂仁857001甘肃农业大学动物科学技术学院,兰州730050中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,甘肃省牦牛繁育工程重点实验室,兰州730050 甘肃农业大学动物科学技术学院,兰州730050 农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室,兰州730050
畜牧业
桑桑牦牛CXCR2基因克隆生物信息学分析
《中国草食动物科学》 2024 (005)
P.57-63 / 7
国家重点研发计划项目(2022YFD1302101);西藏自治区区域科技协同创新项目(QYXTZX-RKZ2022-03);现代肉牛牦牛产业技术体系项目(CARS-37)。
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