微量样本泛素化蛋白质组学研究前处理方法优化OA北大核心CSTPCD

目的:对影响泛素化肽段富集的因素进行系统评估,以提升基于串联质谱的蛋白质组学方法检测微量样本泛素化修饰位点的能力,增加泛素化修饰鉴定覆盖度,进而为微量临床样本的泛素组学研究提供参考方法。方法:本研究中运用100μg HeLa全蛋白酶解肽段系统评估了在泛素化富集过程中不同抗体用量(9.375μg、15.625μg、31.25μg)、不同富集体积(300μL、600μL、1000μL)中鉴定泛素化肽段和位点的能力,以及对比冻干前加入二甲亚砜能否提升泛素化肽段鉴定能力。结果:不同富集条件对泛素化肽段的富集和鉴定效率有所不同。在不同的抗体输入量的评估中,使用15.625μg抗体珠能使富集效率达到57%且获得较理想的泛素化肽和位点鉴定量;在不同体积的对比中,使用600μL富集缓冲液能使单针检测出的泛素化肽段和位点超过10000且两次重复实验泛素化位点的定量相关系数达到0.95;冻干前加入二甲亚砜提高了疏水肽段的鉴定能力,使泛素化位点增加4.59%。结论:通过系统优化,对于100μg肽段的富集推荐使用15.625μg抗体量以及600μL富集体积,在样本冻干前加入二甲亚砜可以有效增加疏水性肽段的鉴定。