睡眠呼吸暂停中参与调节缺氧所致炎症的关键因子分析OACSTPCD

目的综合运用生物信息学方法和实验鉴定参与调节缺氧所致炎症相关信号通路的关键因子。方法使用氯化钴(CoCl2)处理小鼠海马神经元细胞(HT22细胞系),制备缺氧诱导海马神经元损伤细胞模型。收集细胞进行转录组测序,根据测序所得结果,利用差异分析、基因本体(GO)功能、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析以及蛋白质互作网络(PPI)分析,鉴定关键分子,并通过实验探究关键分子对细胞的影响。结果差异分析共显示8975个差异基因,对差异基因进行KEGG和GO分析。KEGG分析显示,这些基因参与胰腺癌、EGFR酪氨酸激酶抑制剂的抗性、动物-有丝分裂、碱基切除修复和慢性骨髓性白血病等信号通路。对富集于这几个通路的基因进行PPI网络构建,MCC算法筛选排名前5的关键基因,关键基因显示为HRAS、KRAS、PTEN、VEGFA、SRC。选择HRAS和VEGFA进行后续实验,结果显示经过CoCl2处理后,HT22细胞活力明显下降(P<0.05),HRAS水平显著下调,而VEGFA显著上调(P<0.05),且肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素1β(IL-1β)和IL-6炎症因子水平明显上升(P<0.001)。但经过表达HRAS或低表达VEGFA处理的HT22细胞生长活跃性增加(P<0.05),TNF-α、IL-1β和IL-6水平明显降低(P<0.001)。结论睡眠呼吸暂停中,HRAS或VEGFA可能通过影响炎症因子进而导致认知障碍。