ER阳性乳腺癌治疗靶点的数据筛选及生物信息学分析OACSTPCD

目的 基于成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)文库数据,分析和预测雌激素受体(ER)阳性乳腺癌新型治疗靶点。方法 检索CRISPR文库测序数据、表达谱芯片数据,比较不同组ER阳性乳腺癌细胞与他莫昔芬耐药相关的缺失靶基因和差异基因;对测序数据、表达谱芯片数据取交集;使用STRING数据库分析潜在他莫昔芬耐药基因的蛋白互作网络(PPI);使用注释、可视化和综合发现数据库注释基因功能和信号通路;使用基因集富集分析(GSEA)软件分析核心基因集;对3个核心基因集和潜在他莫昔芬耐药基因取交集;使用基因表达谱交互式分析数据库绘制生存曲线。采用qRT-PCR和免疫组化实验测定ER阳性乳腺癌患者的跨膜糖蛋白(BSG)表达水平。结果 CRISPR文库测序数据、芯片表达谱数据结合分析,筛出61个潜在他莫昔芬耐药基因;PPI分析发现,其中的30个基因间存在显著相互作用;30个基因与3个GSEA核心基因集的交集分析发现,BSG是唯一基因。生存分析显示BSG高表达与ER阳性乳腺癌患者较短的无病生存期显著相关(P<0.05)。qRT-PCR、免疫组化实验结果证实BSG在ER阳性乳腺癌患者中呈显著高表达。结论 基于CRISPR文库预测BSG是ER阳性乳腺癌患者新型治疗靶点,结合生物功能实验和临床特征可更好验证预测结果。