鄱阳湖流域长江江豚种群遗传差异分析OA北大核心CSTPCD

【目的】长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis)是长江中现存的唯一鲸类动物,长江水生态系统的旗舰物种,国家一级野生保护动物,被列入IUCN红色名录极危(CR)物种,2022年国家长江江豚科考结果显示现存数量为1 249头,其中鄱阳湖492头,约占40%。当前,在长江流域“共抓大保护,不搞大开发”的背景下,虽然长江江豚的生境得到改善,但影响其生存的因子依然存在,如鄱阳湖低枯水位呈常态化趋势,使得长江江豚种群向五河干流扩散性分布甚至季节性被隔离,对长江江豚遗传多样性造成影响。研究旨在通过全基因组重测序技术分析其种群遗传差异特征,为鄱阳湖流域长江江豚群体的遗传多样性保护提供参考数据,为维护江豚物种的遗传完整性和适应潜力提供理论指导。【方法】利用重测序技术对获得3例鄱阳湖长江江豚(PY)肌肉样本进行全基因组数据,结合下载3例来源于安徽铜陵(TL)和3例来源于浙江宁波(NB)的窄脊江豚全基因组数据,对比分析遗传多样性和群体结构,探究鄱阳湖长江江豚群体在特定地理区域内的遗传分化。【结果】(1)相比TL和NB群体,PY群体具有较高的遗传多态性(Pi value=2.65×10^(-5)),且与TL群体之间存在一定的分化(Fst=0.32);(2)PY群体有较低的近交程度(inbreed coefficient=0.21);(3)进化树表明PY群体为独立的一支;(4)Structure和PCA结果表明PY群体与TL群体在遗传距离上较近,并远离NB群体。【结论】鄱阳湖长江江豚(PY)群体具有相对较高的遗传多样性,并且与安徽铜陵(TL)和浙江宁波(NB)2个群体分开。不同江豚种群间存在一定程度上的遗传分化,建议强化促进鄱阳湖流域长江江豚群体间的基因交流措施,以提高长江江豚种群适应性,促进其物种进化。