2020-2022年广东省儿童弯曲菌的耐药性和分子流行特征分析OA北大核心CSTPCD

目的了解2020-2022年广东省儿童感染空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的检出率、耐药特征、毒力特征及多位点序列分型等分子流行特征和病原学特征。方法在广东省广州市2家医院采集2020-2022年疑似感染儿童病例的肛拭子或粪便样本,过滤法分离培养弯曲菌,用微生物质谱系统进行鉴定;采用琼脂稀释法进行抗生素耐药水平分析;提取细菌基因组核酸,开展全基因组测序,基于全基因组测序结果分析弯曲菌耐药基因、毒力基因、多位点序列分型和基于全基因组单核苷酸多态性的系统发育分析。结果本研究的持续性常规监测检出弯曲菌53株,弯曲菌的阳性检出率为2.94%,其中,空肠弯曲菌占81.13%(43/53),结肠弯曲菌占18.87%(10/53)。集中采样处理的多病原监测筛查出弯曲菌16株,其中,空肠弯曲菌11株,结肠弯曲菌5株。对其中46株弯曲菌完成了耐药实验和全基因组测序,包括33株空肠弯曲菌和13株结肠弯曲菌。弯曲菌对临床治疗广泛使用的红霉素的耐药率为21.73%(10/46),对四环素的耐药率为80.43%(37/46),对喹诺酮类抗生素萘啶酸和环丙沙星的耐药率为76.08%(35/46)和71.73%(33/46),对氯霉素的耐药率最低,为2.17%(1/46)。结肠弯曲菌的耐药率普遍高于空肠弯曲菌,在红霉素、庆大霉素、链霉素、泰利霉素和克林霉素指标上的差异具有统计学意义。共检出30株多重耐药菌,有9种多重耐药表型。基于全基因组序列分析,46株弯曲菌携带喹诺酮类、四环素类、β-内酰胺类、氨基糖苷类等抗生素耐药基因;携带5类共128种毒力因子基因;所有46株弯曲菌比对出35种ST型,系统发育分析显示无明显优势ST型,结肠弯曲菌较空肠弯曲菌的SNPs更多。结论2020-2022年广东省弯曲菌的阳性检出趋于稳定,空肠弯曲菌的检出率高于结肠弯曲菌。弯曲菌分离株对四环素和喹诺酮类抗生素耐药严重,多重耐药谱广泛,其中结肠弯曲菌耐药更为严重;耐药基因和耐药表型有较强的关联,具有一定的预测意义。空肠弯曲菌的毒力基因较结肠弯曲菌更为丰富,可能与更高的检出率和致病性有关。系统发育分支明确且序列呈现较高的遗传多样性,无明显优势克隆群。