苏氏圆腹(鱼亡)全长转录组测序OA北大核心CSTPCD

为深入解析苏氏圆腹(鱼亡)的遗传信息和开展基因功能研究,本实验分别提取性成熟苏氏圆腹(鱼亡)脑、鳃、心脏、肝脏、脾脏、头肾、胃、肠、性腺和肌肉组织的总RNA,等质量混合为一个样本后,利用PacBio高通量测序平台单分子实时测序技术对其进行了测序分析,获得了性成熟苏氏圆腹(鱼亡)各组织的全长转录组信息。结果显示,在苏氏圆腹(鱼亡)中共获得1 487 336条高质量reads,平均长度和N50分别为83 592和162 901 bp;校正后共获得1 005 955条循环一致序列(circular consensus sequencing,CCS),过滤后共鉴定出667 973条含有polyA结构的全长非嵌合序列(full-length non-concatemer,FLNC)序列,平均长度和N50分别为2 057和2 359 bp。614 078条(91.93%) FLNC用于基因和转录本的注释,鉴定到的19 835个已知基因对应80 915个转录本,9 348个新基因对应9 954条新转录本,预测到50 311个开放阅读框、79 922个可变剪接、18个融合基因和20 215个选择性多聚腺苷酸化位点。新基因在NR、GO、KEGG、KOG和SwissProt数据库中分别有3 912、2 385、2 167、81和1 520个获得注释。另外,还预测到4 624个长链非编码RNA,调控32 283个靶mRNA。研究表明,通过全长转录组测序数据及功能注释分析,丰富了苏氏圆腹(鱼亡)的遗传资源信息。本研究可为进一步开展苏氏圆腹(鱼亡)生物学特性、基因功能研究提供基础。