基于血液转录组探究皮山红羊繁殖性状候选基因的差异表达OA北大核心CSTPCD

皮山红羊作为新发现的优良地方品种,以多胎而闻名,本研究基于血液转录组测序技术对不同产羔类型皮山红羊差异表达基因(Differential Expression Genes,DEGs)进行筛选,同时探究皮山红羊在不同时期基因的表达差异。从具有连续两胎产羔记录的母羊群体中,随机选取20只体况一致的皮山红羊,分为高繁殖力组(H,胎产羔数≥2)和低繁殖力组(L,产单胎)。通过同期发情技术,采集埋栓前(T1,0 d)、黄体期(T2,10 d)和卵泡期(T3,撤栓后48 h)3个时期共60个血液样本,筛选不同产羔类型皮山红羊在不同时期的DEGs,利用实时荧光定量PCR对筛选出的DEGs进行验证。对60个血液样本进行转录组测序获得34 881 676~61 334 354 bp数据,有效过滤率94.72%~97.33%,Q20≥97.42%,比对率在93.21%~95.11%。在T1LvsT1H、T2LvsT2H及T3LvsT3H组分别有301、228、294个DEGs。其中,CCL14、PTGIS、PRLH等11个基因为不同产羔类型的共有DEGs。KEGG富集分析发现,ECM-受体相互作用、黏着斑、PPAR信号通路、细胞粘附分子等6条通路与繁殖性状相关,包含31个DEGs。结合蛋白互作网络分析,筛选到与皮山红羊繁殖过程相关的潜在基因COL3A1、COL1A1、ERBB2等。RT-qPCR结果表明,RNA-Seq结果准确可靠。本研究揭示了不同产羔类型皮山红羊血液中的DEGs,筛选到影响皮山红羊胚胎发育的ECM-受体相互作用、黏着斑、细胞粘附分子等重要通路,筛选出CCL14、PRLH、PTGIS、COL3A1、COL1A1、ERBB2等关键候选基因,以期为皮山红羊选种选育提供理论依据。