非生物胁迫对毛竹转座子衍生TUCP转录活性的影响OA北大核心CSTPCD

【目的】转座子(TE)是真核细胞基因组的重要组成部分,在毛竹Phyllostachys edulis基因组超过63%时,易受胁迫诱导激活。分析非生物胁迫下,来源于转座子的不确定编码潜力转录本(TUCP)的表达模式,为转座子参与毛竹抗逆分子机制提供参考。【方法】采用生物信息学技术和手段,在低温、高温、高盐、紫外照射等4种胁迫处理下,研究毛竹TE-TUCPs及转座子邻近基因的转录特性和转录模式。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证转录组来源的TETUCPs差异表达数据的可靠性。【结果】在毛竹4个胁迫处理转录本中,共鉴定出57627个TE-TUCPs。TE-TUCPs应对不同非生物胁迫表现出特异性表达模式。高温、高盐、紫外照射处理可以促进具有转录活性的TE-TUCPs附近基因差异表达,但是低温会抑制具有转录活性的TE-TUCPs附近基因差异表达。【结论】TE-TUCPs主要来源于Ty1/Copia和Ty3/Gypsy超家族。基因的表达潜能与近距离的TE-TUCPs表达潜能互相抑制。TE-TUCPs转录情况会受到非生物胁迫作用来调控附近基因的表达以适应胁迫影响。