结合DNA甲基组和基因组数据鉴定甲基化数量性状位点OA北大核心CSTPCD
本研究对 140 个大白猪的DNA甲基化组和基因组数据进行了深入分析,成功鉴定了甲基化数量性状位点(meQTL),并估计了显著CpG位点的甲基化遗传力.研究通过构建模型,将单核苷酸多态性(SNP)作为自变量,以表观基因组关联分析(EWAS)识别的显著CpG位点甲基化水平作为因变量,进行了全基因组关联分析.分析结果显示,在EWAS鉴定出的 3 107 个显著CpG位点中,有 235 个meQTL与 52 个CpG位点相关.其中,仅有 1 个为顺式meQTL(cis-meQTL),其余均为反式meQTL(trans-meQTL).对这 52个CpG位点进行遗传力估计后发现,它们的平均遗传力约为 0.15,大约 65%的CpG位点遗传力低于 0.1,这表明大多数CpG位点的甲基化遗传力相对较低.此项研究的发现有助于更深入地理解SNP如何影响CpG位点的甲基化,并为进一步探索基因组中SNP与CpG位点甲基化之间的关系提供了重要的数据支持.
崔晟頔;陈佳苗;王翔枫;唐国庆;王凯;赵真坚;陈栋;申琦;余杨;王俊戈;陈子旸;禹世欣
四川农业大学动物科技学院,猪禽种业全国重点实验室,四川 成都 611130||四川农业大学动物科技学院,农业农村部畜禽生物组学重点实验室,四川 成都 611130||四川农业大学"畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室",四川 成都 611130新希望六和股份有限公司,四川 成都 625014
畜牧业
表观基因组关联分析甲基化数量性状位点DNA甲基化
《中国畜牧杂志》 2024 (012)
194-200 / 7
国家生猪技术创新中心先导科技项目(NCTIP-XD/B01);四川省科技厅项目(2020YFN0024、2021ZDZX0008、2021YFYZ0030)
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