上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒F基因遗传进化及生物信息学分析OA北大核心CSTPCD

【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行毒株F基因遗传变异情况,分析F蛋白生物信息学特征,为PPMV-1的防控提供技术支持。【方法】应用RT-PCR方法扩增分离株F基因,测序并进行遗传进化分析,并通过生物信息学在线软件对F蛋白结构功能进行预测分析。【结果】分离株F基因编码区全长为1662 bp,编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株序列结构特征。系统进化树分析结果显示,分离株属于新城疫病毒(NDV)ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,与疫苗株La Sota和Mukteswar处于不同进化分支,与国内分离株Pi/SH/CH/0617/2013和pigeon/Ningxia/2068/2016同属Ⅵ.2.1.1.2.2分支。生物信息学分析结果表明,F蛋白为亲水性蛋白,分子质量约为59.03 ku,理论等电点(PI)为7.87,半衰期为30 h,不稳定系数为35.06,脂肪系数为109.73。F蛋白主要分布在细胞质膜和内质网中,具有跨膜结构和信号肽,包含6个潜在的N-糖基化位点、13个半胱氨酸残基、103个O-糖基化位点,以及67个磷酸化位点。二级结构中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链、β-转角分别占46.11%、31.46%、18.08%及4.34%,三级结构预测结果与二级结构相一致。B细胞抗原位点预测结果显示,F蛋白含有11个抗原表位(氨基酸数目≥7)。【结论】本研究分离获得的PPMV-1分离株属于NDV ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,其F蛋白具有较好的抗原表位,可作为PPMV-1疫苗研制和抗病毒治疗的靶蛋白。研究结果为有效防控PPMV-1感染提供了一定的参考依据,同时也为进一步研发新型疫苗奠定了基础。