牡丹ARF基因家族鉴定及表达分析OA北大核心CSTPCD

为研究牡丹生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)家族基因,对其基因家族进行鉴定,并对其进行生物信息学分析。结果表明,在牡丹岛锦、凤丹、洛神晓春中共鉴定出19个ARF基因,以拟南芥ARF基因家族进化分类为依据,将牡丹ARF基因家族成员分为4个亚族,根据系统发育树发现,牡丹与拟南芥的ARF同源基因存在密切的进化关系。不同牡丹ARF蛋白长度、等电点存在差异。所有PsARF均含有保守的B3和Auxin_resp结构域,大部分PsARF还含有Aux/IAA结构域。保守基序分析表明,Motif数目为4~12个;基因结构分析显示,牡丹ARF基因内含子数量为1~19个;不同亚族间的Motif和内含子数目有一定的差异。组织表达特性分析显示,除PsARF2b在各个组织中不表达外,所有PsARF基因在牡丹组培苗根、茎、叶中均有表达,但在不同组织中的表达量存在很大差异,如PsARF7、PsARF19、PsARF8a、PsARF8b、PsARF6、PsARF11a、PsARF11b、PsARF9、PsARF16b、PsARF17、PsARFx在根中的表达量最高,PsARF5、PsARF3、PsARF4在茎中的表达量最高,而PsARF2a、PsARF1、PsARF16a、PsARF10在叶中的表达量最高。