南美白对虾多密度高通量液相分型技术芯片设计与评估OA北大核心
针对南美白对虾育种研究中开展大规模全基因组重测序成本非常昂贵的问题,本研究对来自两个人工选择品种和四个市场领先公司的共180只南美白对虾进行全基因组重测序及全基因组单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记开发,并设计了12k、46k和92k三种密度规格的高通量液相分型技术芯片。对三款芯片性能进行评估的结果显示,三款芯片分别覆盖了11618、20055和20056个基因,基因覆盖度分别为43.50%、75.08%和75.09%;位于基因区位点分别为11618、35071和65138,占芯片总位点93.15%、76.24%和70.80%。次等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)分别为0.27±0.11、0.34±0.12和0.27±0.12。三款芯片的位点在染色体上均匀分布,其中51.11%、76.63%和93.87%的位点平均间距范围为1~50 kB,均覆盖了MAPK、mTOR、Wnt和NOD-like受体等多个参与生长免疫功能的信号通路。本研究为南美白对虾HD-Marker体系建立提供了基础,从而为全基因组选择育种、种质资源评估、数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)定位和全基因组关联分析(Genome-wide association study,GAWS)提供技术支持。
刘名扬;刘平平;曾启繁;徐振媛;杨志辉;王师;胡景杰;包振民
中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室,海南三亚572000中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室,海南三亚572000 中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室,山东青岛266003中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室,海南三亚572000 中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室,山东青岛266003中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室,海南三亚572000中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室,海南三亚572000中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室,海南三亚572000 中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室,山东青岛266003中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室,海南三亚572000 中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室,山东青岛266003中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室,海南三亚572000 中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室,山东青岛266003
水产学
南美白对虾高通量液相分型技术靶向分型基因组选择单核苷酸多态性
《中国海洋大学学报（自然科学版）》 2025 (1)
P.175-184,10
国家自然科学基金项目(32002446)“十四五”广东省农业科技创新十大主攻方向“揭榜挂帅”项目(2022SDZG01)资助。
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